わが社には、2つの部門があるがそれぞれを別々に二人の子に継がせたい

 御社に二つ以上の部門(事業)があり、後継者が複数いるのであれば、事業ごとに会社を分けて、会社を承継させてもよいでしょう。
 そうすることで、無用な相続人間の紛争が防止することができるかもしれません。

 この場合の方策としては、以下のようなものがあります。

○ 「会社分割」で会社を事業ごとに分ける

○ 「遺言」又は「遺言代用信託」で分けた会社の株式をそれぞれの後継者へ承継させる